Несмотря на то, что с 1989 года Тойота Марк II представила на суд автолюбителей уже несколько десятков автомобилей, здесь и Tourer (в том числе S, V), Grande ( также G, Four) и, конечно, IR (в том числе S, V), нельзя сказать, что выбор трансмиссии в стандартных комплектациях был столь же разнообразен. Преимущественно это 4-ступенчатые автоматические коробки передач или 5-ступенчатые механические, задняя приводная система с расположенным впереди двигателем. Рабочие характеристики, в целом, неплохие, хотя спустя 5-7 лет эксплуатации автомобиль и просит внешнего вмешательства, однако обычно все заканчивается заливкой качественного трансмиссионного масла или применением присадки для коробки передач типа «Форсан», призванные изменить работу металлических деталей двигателя, препятствуя их износу. После подобного рода манипуляций плавный ход передач, присущий новеньким Тойота Марк II, возвращается. Начиная с 1993 года с переменным успехом (сначала в качестве опции, затем в стандартной комплектации) внедряется система LSD –самоблокирующегося дифференциала повышенного трения, что позволяет делает синхронной работу колес в случае попадании в яму или прочих неурядицах. При этом такая система в отличие от жестких систем блокировок позволяет сохранить коробку передач и увеличить срок ее службы. Такая система доступна в качестве опции на 5-ступенчатой МКП Марк II Grande 1994 года, 4-ступенчатой АКП Tourer V 1998 года с улучшенными показателями, как и на 4-ступенчатой АКП Tourer S 1998 года.